Instytut Nawigacji prowadzi badania naukowe w ramach dwóch dyscyplin naukowych: Inżynieria Lądowa i Transport oraz Nauki o Ziemi i środowisku. Prace badawcze podejmowane przez pracowników IN są interdyscyplinarne i dotyczą zagadnień naukowych z obszaru geodezji satelitarnej, precyzyjnej nawigacji, transportu lotniczego, meteorologii, geodynamiki, fotogrametrii i rozpoznania obrazowego oraz systemów informacji przestrzennej GIS. Badania naukowe w IN prowadzone są w 3 zespołach badawczych:

1. Zespół „Nawigacja”
2. Zespół „Meteorologia”
3. Zespół „Fotogrametria i GIS”.

Dorobek naukowy pracowników IN jest dostępny w zakładce „Publikacje”.