Instytut Nawigacji współpracuje z krajowymi i zagranicznymi uczelniami, instytucjami
takimi jak:

• Akademia Marynarki Wojennej w Gdyni
• Wojskowa Akademia Techniczna w Warszawie
• Szefostwo Wojskowej Służby Ruchu Lotniczego
• Szefostwo Służby Hydrometeorologicznej Sił Zbrojnych RP w Warszawie
• Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
• Politechnika Warszawska w Warszawie
• Instytut Meteorologii i Gospodarki Wodnej w Warszawie
• Uniwersytet Morski w Gdyni
• Uniwersytet Techniczny w Koszycach
• Polska Agencja Żeglugi Powietrznej w Warszawie
• Instytut Techniczny Wojsk Lotniczych w Warszawie
• Instytut Lotnictwa w Warszawie
• Centrum Badań Kosmicznych PAN w Warszawie
• Politechnika Śląska w Katowicach

Współpraca polega w szczególności na wymianie doświadczeń, realizacji wspólnych projektów, opracowania publikacji naukowych, oraz doskonaleniu programów studiów.