Studia na kierunku Nawigacja adresowane są zarówno dla studentów wojskowych jak i cywilnych.
W ramach cywilnych stacjonarnych studiów I realizowane są specjalności:
• zarządzanie ruchem lotniczym,
• eksploatacja infrastruktury nawigacyjnej portów lotniczych,
• Globalne Systemy Nawigacji Satelitarnej GNSS.
W ramach cywilnych stacjonarnych studiów II stopnia realizowane są specjalności:
• zarządzanie ruchem lotniczym,
• eksploatacja infrastruktury nawigacyjnej portów lotniczych.
W ramach wojskowych stacjonarnych studiów I stopnia realizowane są specjalności:
• nawigacja taktyczna (nawigator naprowadzania),
• zarządzanie ruchem lotniczym (kontroler ruchu lotniczego).
W ramach wojskowych stacjonarnych studiów II stopnia realizowana jest specjalność:
• zarządzanie ruchem lotniczym.
Wybór specjalności na studiach cywilnych następuje w trakcie czwartego semestru studiów.
Absolwent studiów w specjalności zarządzanie ruchem lotniczym posiada szeroką wiedzę z zakresu systemów zarządzania przestrzenią powietrzną, organizacji i zasad przepływu i kontroli ruchu lotniczego oraz umiejętności z zakresu kierowania ruchem lotniczym z wykorzystaniem systemów i urządzeń radiolokacyjnych i radiotelekomunikacyjnych. Absolwent jest przygotowany do pracy w organizacjach zarządzających ruchem lotniczym oraz jednostkach państwowego nadzoru lotniczego (m. in. Polska Agencja Żeglugi Powietrznej). Ponadto studenci studiów stacjonarnych kierunku Nawigacja w specjalności zarządzanie ruchem lotniczym, po zakwalifikowaniu się na szkolenie w Ośrodku Szkolenia Personelu Służb Ruchu Lotniczego mogą uzyskać cywilną licencję praktykanta – kontrolera ruchu lotniczego.
Absolwent studiów w specjalności eksploatacja infrastruktury nawigacyjnej portów lotniczych posiada szeroką wiedzę z zakresu teoretycznych podstaw nawigacji i radionawigacji, budowy i funkcjonowania elementów naziemnej infrastruktury lotniskowej oraz umiejętności z zakresu eksploatacji urządzeń i systemów radionawigacyjnych, zwłaszcza tych, które stanowią oprzyrządowanie lotnisk.
Absolwent studiów w specjalności Globalne Systemy Nawigacji Satelitarnej GNSS posiada szeroką wiedzę z zakresu teoretycznych podstaw nawigacji, budowy i funkcjonowania elementów systemu GNSS oraz umiejętności z zakresu eksploatacji urządzeń i systemów satelitarnych. Posiada zasób wiedzy w zakresie wykorzystania systemów nawigacji satelitarnych we wspomaganiu innych rodzajów systemów nawigacyjnych.
Absolwent wojskowych studiów w specjalności nawigacja taktyczna, zarządzanie ruchem lotniczym przygotowany jest do służby w strukturach Sił Zbrojnych RP. Absolwent posiada szeroką wiedzę z zakresu teoretycznych podstaw nawigacji, budowy i funkcjonowania systemów dowodzenia oraz wiedzy z obszaru metodyki naprowadzania, taktyki lotnictwa, przepisów ruchu lotniczego, przepisów lotniczych, łączności lotniczej, możliwości bojowych samolotów i sprzętu radiolokacyjnego oraz armii obcych państw. 
Wykształcenie studenta wojskowego w specjalności nawigacja taktyczna jest ukierunkowane na przygotowanie absolwentów do uzyskania kwalifikacji zawodowych jako nawigator naprowadzania określonych w normie obronnej NO-05-A013.
Absolwent wojskowych studiów w specjalności zarządzanie ruchem lotniczym przygotowany jest do kwalifikacji zawodowych jako kontroler lotniska lub kontroler zbliżania.